2016年5月1日以后社会团体收取的会费已缴纳的增值税，是否可以申请退税？

根据《财政部国家税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税〔2017〕90号)规定：“八、自2016年5月1日起，社会团体收取的会费，免征增值税。本通知下发前已征的增值税，可抵减以后月份应缴纳的增值税，或办理退税。”
因此，2016年5月1日起，社会团体收取的会费已缴纳的增值税，可抵减以后月份应缴纳的增值税，或办理退税。