根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定:购进农产品,按照农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额从销项税额中抵扣。
《财政部国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税〔2012〕75号
)第三条的规定是解释增值税暂行条例第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的“销售发票”,所以不是仅指批发零售环节。一般纳税人现在暂只有向农民专业合作社购进的免税农业产品,取得零税率的普通发票可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。其他购进的农产品,必须是上一环节(小规模纳税人)放弃免税开具的普通发票,下环节才可抵扣进项税额。