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免税所得为负数时怎样在企业所得税纳税申报表中填列?《国家税务总局关于做好 2009 年度企业所得税汇算清缴工作的通知》(国税函[2010]148号)规定“对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目,不得弥补当期及以前年度应税项目亏损;当期形成亏损的减征、免征所得额项目,也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补”。但现在的企业所得税汇算清缴申报系统中免税所得项目无法填列负数,造成当期形成亏损的减征、免征所得额被当期应税项目所得抵补。若企业利润总额为-50万元,其中应税所得为50万元,免征所得为-100万元,则应纳税所得额为50万元。但由于在申报系统中纳税调整减少额中的免税项目所得无法填列负值(最小只能填零),造成应纳税所得额的数值与利润总额一致,均为亏损50万元。此种情况会造成企业少缴企业所得税。

根据《青岛市地方税务局关于印发《2012年度所得税问题解答》的通知》(青地税二函[2013]1规定,

企业所得税法实施条例102条规定“企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的,其优惠项目应当单独计算所得,并合理分摊企业的期间费用;没有单独计算的,不得享受企业所得税优惠”。此外,根据国税函[2010]148号文件的规定,应税所得和免税所得的盈亏不得相互弥补,其中应税所得只能用以后的应税所得来弥补,免税所得因其不征税,不存在其后弥补问题。在目前的报表体系和申报系统中,上述政策无法通过技术手段来实现,如遇到这种情况,主管税务机关可以通过建立辅助账的方式加以解决。