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实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的纳税人取得的海关进口增值税专用缴款书稽核结果为不符、缺联、重号的,如何申请抵扣进项税额?

根据《国家税务总局 海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知》(税总发〔2013〕76号规定:“一、各级税务机关、各级海关要加强协作配合,共同做好‘异常’海关缴款书的核查工作。
(一)各海关应按照有关规定对海关缴款书入库数据及时进行核销,保障纳税人及时抵扣税款。
(二)各主管税务机关应于每月纳税申报期内,向纳税人提供上月海关缴款书稽核比对结果信息。纳税人上月稽核比对结果中无‘滞留’的,稽核系统每月1日自动导出稽核比对结果信息;纳税人上月稽核比对结果中有‘滞留’的,稽核系统于纳税申报期结束前2日自动导出稽核比对结果信息。
(三)对稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书,如纳税人有异议,应提交《“异常”海关缴款书数据核对申请书》(附件1)申请数据核对,同时附海关缴款书原件。主管税务机关会同海关进行核查。核查流程是:主管税务机关在收到纳税人数据核对申请书的15日内,向税款入库地直属海关发出《海关缴款书委托核查函》(附件2,全国各海关联系方式可自海关总署网站http://www.customs.gov.cn或拨打12360查询),同时附海关缴款书复印件;税款入库地海关收到委托核查函后,在30日内以《海关缴款书核查回复函》(附件3)回复发函税务机关。对海关回函结果为‘有一致的入库信息’的海关缴款书,主管税务机关应及时以《海关缴款书核查结果通知书》(附件4)通知纳税人申报抵扣税款。
……
对于稽核比对结果为重号的海关缴款书,由主管税务机关进行核查,不需向海关发函核查。
二、海关需要对海关缴款书涉及的进口增值税申报抵扣情况进行核查确认的,可向纳税人主管税务机关发出《进口增值税