专用发票作废了,而对方已经拿去抵扣了,怎么办?

根据《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》(国税发〔2006〕156号)的有关规定，所称作废条件：（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；（二）销售方未抄税并且未记账；（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。因此，如纳税人将不符合作废条件的增值税专用发票进行了作废处理，应各自及时向双方主管税务机关报告，按照主管税务机关的要求处理。