如果支付人被税务机关指定为扣缴义务人的话，是否还有代纳税人申请税收优惠的机会？还是只能按照税务机关出具的文件缴纳税款？

根据《青岛市国家税务局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴的通知》（青国税发[2010]9号）规定，

支付人被指定扣缴的情形下，不影响支付人代理纳税人按税法规定申请享受优惠待遇，如税收协定待遇。