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我是一名高校的会计,我们学校有时会承担一些课题研发项目,有些课题费收入。营改增后,学校已登记为一般纳税人,这些课题费收入要按6%交增值税,但与这些课题相关的进项,归集起来太麻烦了,很难在各个课题间划分清楚。请问这个问题怎么解决?

根据2017年3月27日上午国家税务总局货物和劳务税司副司长 林枫在线访谈。
财政部  国家税务总局关于明确金融  房地产开发  教育辅助服务等增值税政策的通知》(财税〔2016〕140号)第十二条规定,非企业性单位中的一般纳税人提供的研发和技术服务、信息技术服务、鉴证咨询服务,以及销售技术、著作权等无形资产,可以选择简易计税方法按照3%征收率计算缴纳增值税。非企业性单位中的一般纳税人提供《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》(财税〔2016〕36号)第一条第(二十六)项中的“技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务”,可以参照上述规定,选择简易计税方法按照3%征收率计算缴纳增值税
因此,您所在学校取得的课题费收入,如果符合上述规定,可以选择简易计税方法按照3%征收率计算缴纳增值税,这样也就不存在进项税额的划分和抵扣问题了。