自2017年5月1日起，发卡机构、清算机构和收单机构提供银行卡跨机构资金清算服务，清算机构以其向发卡机构、收单机构收取的网络服务费为销售额，并按照发卡机构支付的网络服务费向发卡机构开具增值税发票，按照收单机构支付的网络服务费向收单机构开具增值税发票。 清算机构从发卡机构取得的增值税发票上记载的发卡行服务费，一并计入清算机构的销售额，并由清算机构按照此销售额向收单机构开具增值税发票。

根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号） 规定，
自2017年5月1日起，发卡机构、清算机构和收单机构提供银行卡跨机构资金清算服务，按照以下规定执行：
（一）发卡机构以其向收单机构收取的发卡行服务费为销售额，并按照此销售额向清算机构开具增值税发票。
（二）清算机构以其向发卡机构、收单机构收取的网络服务费为销售额，并按照发卡机构支付的网络服务费向发卡机构开具增值税发票，按照收单机构支付的网络服务费向收单机构开具增值税发票。
清算机构从发卡机构取得的增值税发票上记载的发卡行服务费，一并计入清算机构的销售额，并由清算机构按照此销售额向收单机构开具增值税发票。

（三）收单机构以其向商户收取的收单服务费为销售额，并按照此销售额向商户开具增值税发票。

以典型的POS机刷卡消费为例（注：相关费用金额均为假设），消费者（持卡人）在商场用银行卡刷卡1000元购买了一台咖啡机，要实现货款从消费者的银行卡账户划转至商户账户，商户需要与收单机构（在商户安装刷卡终端设备的单位）签订服务协议，并向其支付服务费。除收单机构外，此过程中还需要清算机构（中国银联）和发卡机构（消费者所持银行卡的开卡行）提供相关服务并同时收取服务费。涉及的资金流为：（1）刷卡后，消费者所持银行卡的发卡机构从其卡账户中扣除咖啡机全款1000元；（2）发卡机构就这笔业务收取发卡行服务费6元，并需向清算机构支付网络服务费1元，因此，发卡机构扣除自己实际获得的5元（6-1=5）后，将货款余额995元（1000-5=995）转入清算机构；（3）清算机构扣减自己应分别向收单机构和发卡机构收取的网络服务费（各1元）后，将剩余款项993元（995-1-1=993）转入收单机构；（4）收单机构扣减自己实际获得的收单服务费3元，将剩余款项转入商户；（5）最终，商户获得咖啡机销售款，并支付了10元手续费，最终收到990元。